Entre los espacios que el ITESO ofrece para conectar con la naturaleza y preservarla destaca el Arboretum. Considerado un tesoro botánico dentro de la Zona Metropolitana de Guadalajara, está dividido en dos secciones, oriente y sur, y alberga una impresionante diversidad de especies, en su mayoría nativas de México, y sobre todo de Jalisco, aunque también incluye algunas introducidas de otras regiones que coexisten en equilibrio dentro del entorno.

La sección oriente se encuentra entre el edificio W y las canchas deportivas; la sección Sur, entre los edificios S y Q. Al contener prioritariamente especies regionales, resulta refugio de especies nativas y endémicas de Jalisco, particularmente de aves e insectos, y participa en la preservación de la identidad ecológica de la región. Estos espacios que conforman el Arboretum son los que han convertido al campus en el sitio universitario con mayor diversidad biológica del occidente de México.