El campus del ITESO tiene un área de 292,000.00 metros cuadrados, cubierta de vegetación forestal. En buena parte, en esta área se pueden apreciar 4,226 árboles de 275 distintas especies divididos en 14 jardines, como el jardín de la Casa ITESO Clavigero, el terreno del Zopilote, entre otros.

Entre ellas están 139 especies protegidas según la Norma Oficial Mexicana (NOM) 059-SEMARNAT-2010 y la Red List, las cuales fueron donadas y se encuentran en proceso de registro.

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